1000年前一度毁灭的地球，由名为“Y”的传说中的时钟技师以时钟装置再构筑而成的世界。吊车尾高中生·见浦直人，与“Y”所留下的自动人偶琉紫，以及天才时钟技师少女·玛莉相遇了。当他们的能力相互咬合时，命运的齿轮开始转动。不断重复破裂与延命，将即将崩坏的地球（“时钟机关之星”）修复的时钟朋克·幻想剧！