小姑娘希达（SHEETA）是传说中“天空之城拉普达（Laputa）”王族的后裔，那曾是超越地上文明不知几千年的空中文明，但不知为何，希达的祖先离开“天空之城”，抛弃发达的科技，在地面上过起隐居的生活。然而一天，几个不明身份的男子出现在她家门口。