创圣记0011年，地球发生了一场大异变。南极的冰层溶解，原本在1万2千年前被毁灭的亚特兰迪亚浮现，长着羽翼的民族坠天翅族苏醒。坠天翅族拥有超过人类的高度智能与特殊力量。1万2千年前他们在亚特兰迪亚建立起高度的文明，对他们称为无翼者的人类肆意捕杀。然而人类也没有放弃反击的机会，自海底遗迹挖掘出在“创圣之书”中，传说的兵器——3架古文明的战斗机Vector Machine，借由不同的组合的变形、合体。Vector Machine可化成不同形态的人形兵器机械天使。当时坠天翅族最强的守护天翅阿波罗尼亚斯，便是与人类靠着机械天使的力量，将原本优势占尽的坠天翅族逼进灭亡的深渊，为了与坠天翅族对抗，新联合国设立了地球再生机构—DEAVA，负责运用机械天使。因此，一群拥有特殊能力的少男少女被召集起来，训练成为机械天使的驾驶员。